Le CEFRES est un institut de recherche dépendant de la sous-direction de la Coopération scientifique universitaire et de la Recherche du ministère des Affaires étrangères et européennes français. Il a pour mission principale le développement des réseaux scientifiques en République tchèque et en Europe centrale et joue un rôle de médiateur entre les milieux universitaires et de recherche français et centre-européens dans le domaine des sciences humaines et sociales. Le CEFRES fait partie du réseau des Instituts français de recherche à l’étranger.
Le CEFRES est devenu en 2007 une unité de service et de recherche du Centre national de la recherche scientifique (USR 3138)
